Okazją do zorganizowania i opracowania archiwum stał się jubileusz Czterechsetlecia Reformy Zakonu Karmelitańskiego (1568-1968) oraz Tysiąclecia Chrztu Polski. W programie przygotowania naukowego i kulturalnego jubileuszu rada generalna w Rzymie odbyta dnia 20 czerwca 1960 roku poleciła uporządkować archiwa prowincjonalne i klasztorne. W myśl tego rozporządzenia rada prowincjonalna zebrana w Wadowicach w dniu 22 października 1960 roku erygowała archiwum prowincji z siedzibą w Czernej, polecając zamianowanemu archiwariuszowi zorganizowanie i uporządkowanie archiwum. Po przeprowadzeniu centralizacji akt z kancelarii urzędu prowincjała z Krakowa i Warszawy oraz z innych klasztorów, po uporządkowaniu i scaleniu zespołów według właściwych registratur, cały zasób podzielony został przez o. Benignusa Wanata, archiwistę prowincji, na cztery działy: dokumenty, zespoły archiwalne, zbiory i spuścizny zakonników (rękopisy), kartografia. Po jego śmierci rozbudowano w latach 2012-2024 dział obejmujący poszczególne klasztory i utworzono kolejne: kazania i homilie z XIX wieku, fotografie karmelitańskie, karmelitańskie tłoki pieczętne, rozmaitości.
I. Dokumenty
W dziale tym, obejmującym 148 jednostek, wyodrębniono trzy kategorie dokumentów: pergaminowe, papierowe i formularzowe czyli blankietowe. Treściowo dokumenty dotyczą całej prowincji w ogólności, poszczególnych klasztorów i ich majątków oraz dawniejszych właścicieli dóbr nabywanych przez klasztory. Chronologicznie obejmują okres od 1492 do 1997 roku. Opracowane zostały na podstawie instrukcji dra Kazimierza Kaczmarczyka, dr Jadwigi Karwasińskiej i dra Adama Wolffa: Opracowanie dokumentów pergaminowych i papierowych archiwum, [w:] Archeion XIX-XX, Warszawa 1951, s. 139-177. Opisu pieczęci dokonano według zasad sfragistyki M. Gumowskiego, M. Haisiga, S. Mikuckiego: Sfragistyka, Warszawa 1960.
II. Zespoły archiwalne
W dziale tym zgromadzono dokumentację poszczególnych klasztorów karmelitów bosych i karmelitanek bosych, karmelitanek trzewiczkowych oraz innych instytucji. Zespoły otrzymały następujące sygnatury:
Archiwum klasztoru Niepokalanego Poczęcia NMP w Krakowie
– Historia klasztoru i archiwum
– Rozbudowa kościoła 1929-1933 (J. Czechowicz)
Archiwum klasztoru w Lublinie
– Historia klasztoru i archiwum
Archiwum klasztoru we Lwowie
– Historia klasztoru i archiwum (B. Wanat)
– Historia klasztoru: część 1 i część 2 (J. Smirnow)
– Karmelitańskie Kresy
Archiwum klasztoru świętych Michała i Józefa w Krakowie
– Historia klasztoru i archiwum
Archiwum klasztoru w Poznaniu
– Historia klasztoru i archiwum
Archiwum klasztoru w Przemyślu
– Historia klasztoru i archiwum
Archiwum klasztoru Ostrobramskiego w Wilnie
– Historia klasztoru i archiwum
– Karmelitańskie Kresy
Archiwum klasztoru w Czernej
– Historia klasztoru i archiwum
– Monografia klasztoru z 1914
– Monografia klasztoru z 1938
– Przewodnik po klasztorze z 1992
Archiwum klasztoru w Wiśniczu
– Historia klasztoru i archiwum
Archiwum klasztoru w Berdyczowie
– Historia klasztoru i archiwum
Archiwum klasztoru w Warszawie
– Historia klasztoru i archiwum
Archiwum klasztoru w Głębokiem
– Historia klasztoru i archiwum
Archiwum klasztoru w Wiśniowcu
– Historia klasztoru i archiwum (B. Wanat)
– Historia klasztoru (D. Antoniuk)
– Łuny nad Wiśniowcem
– Karmelitańskie Kresy
Archiwum klasztoru w Grodnie
– Historia klasztoru i archiwum
Archiwum klasztoru w Zagórzu
– Historia klasztoru i archiwum
Archiwum klasztoru w Milatynie
– Historia klasztoru
Archiwum klasztoru w Zakrzewie
– Historia klasztoru
Archiwum klasztoru w Miadziole
– Historia klasztoru i archiwum
– Odnalezione księgi
– Karmelitańskie Kresy
Archiwum klasztoru w Gudohajach
– Historia klasztoru
Archiwum klasztoru w Wadowicach
Archiwum Prywatnego Gimnazjum w Wadowicach
– Historia klasztoru i archiwum
– Historia gimnazjum i jego archiwum
Archiwum klasztoru w Zawoi
– Historia klasztoru
Archiwum klasztoru w Łodzi
– Historia klasztoru
Archiwum klasztoru we Wrocławiu
– Historia klasztoru
Archiwum klasztoru w Munster (USA)
– Historia klasztoru
Archiwum klasztoru w Kluszkowcach
– Historia klasztoru
Archiwum klasztoru w Piotrkowicach
– Historia klasztoru
Akta klasztoru w Kijowie
– Historia klasztoru
Akta klasztoru w Charkowie
– Historia klasztoru
Archiwum św. Rafała Kalinowskiego
– Sylwetka św. Rafała i historia archiwum
Archiwum klasztoru karmelitanek bosych w Wilnie
– Historia klasztoru i archiwum
Archiwum klasztoru karmelitanek trzewiczkowych w Dubnie
– Historia klasztoru i archiwum
Archiwum karmelitanek bosych w Krakowie na Łobzowie
Archiwum karmelitanek bosych w Krakowie na Wesołej
Akta personalne zakonników
Archeologia Góry Karmel
Archiwum Wikariatu Regionalnego Burundi-Rwanda
Archiwum Świeckiego Zakonu Karmelitów Bosych
Klasztor w Kamieńcu Podolskim
– Historia klasztoru (B. Wanat)
– Historia klasztoru (D. Antoniuk)
Klasztor w Poszumieniu – Historia klasztoru
Klasztor w Taganrogu – Historia klasztoru
Klasztor w Kownie – Historia klasztoru
Klasztor w Kupinie – Historia klasztoru
Historia klasztorów: w Wilnie za Wilią, Leśniowie, Pińsku, Narodyczach i Antoleptach.
III. Rękopisy
Zbiory i spuścizny zakonników (rękopisy). W dziale tym zgromadzone zostały pamiątki po zmarłych zakonnikach: korespondencja, kazania, artykuły naukowe o treści teologicznej, filozoficznej, z hagiografii, historii, liturgii, literatury, poezji, muzyki, ekonomii, prawa kościelnego, pamiątkowe albumy fotograficzne, etc. Znaczna ilość rękopisów została przekazana w darze dla archiwum lub też pochodzi z innych naszych bibliotek zakonnych, niektóre z nich zostały zakupione. Zbiory i spuścizny zakonników chociaż nie są bezpośrednio związane z zespołami klasztorów i nie stanowią produktu kancelarii urzędu, to jednak w swej części dokumentalnej, akt personalnych – pochodzą z kancelarii urzędów kościelnych i państwowych. Liczni zakonnicy pełniący różne urzędy w zakonie uwierzytelniali swoim podpisem akta swego urzędu, a kopie zachowywali dla siebie. Po śmierci zakonnika akta personalne wraz z jego zbiorami i rękopisami przekazywano do archiwum prowincji. Po wielu zakonnikach nie pozostało żadnego śladu. Często przed śmiercią sami zakonnicy robili porządki i palili swoje skrypty i korespondencję. Często się też zdarzało, że po śmierci zakonnika czynili to współbracia w ramach generalnego porządku po zmarłym zakonniku. Z działu tego liczącego ok. 2000 rękopisów, 600 jednostek objętych inwentaryzacją włączonych zostało do tego tomu. Jest to najcenniejszy i najstarszy zbiór manuskryptów o treści teologicznej, filozoficznej, hagiografii, historii, liturgii, literatury, poezji, muzyki, ekonomii, medycyny, prawa kościelnego, etc. W tym zbiorze znajduje się kilka średniowiecznych rękopisów, nabytych do zbiorów archiwum lub ofiarowanych klasztorowi przez ich właścicieli. Szereg rękopisów uprzednio znajdowało się w zbiorach różnych bibliotek karmelitańskich, które w czasie porządkowania księgozbiorów przekazywano do zbiorów archiwum prowincji. Kilka rękopisów ofiarował ojcu Rafałowi Kalinowskiemu i klasztorowi w Czernej ksiądz dr Wincenty Smoczyński, proboszcz i prałat z Tenczynka, przyjaciel karmelitów bosych. Rękopisy te były jego własnością. Cały zasób tego działu zinwentaryzowany został według obowiązującej instrukcji Ministerstwa Kultury i Sztuki Wytyczne opracowania rękopisów w bibliotekach polskich, Wrocław 1955.
IV. Kartografia
Kolekcja atlasów. Niewielki zbiór obejmujący kilkanaście jednostek.
V. Kazania i homilie z XIX wieku
Kazania i homilie z XIX wieku. Dział obejmuje 1259 tekstów, które zarchiwizowano w 2021 roku. Początkowo teksty te stanowiły luźną i niezarchiwizowaną część zasobów bibliotecznych klasztoru w Czernej. Trafiały tutaj po śmierci czernińskich zakonników, a także ze skasowanych klasztorów na dawnych kresach Rzeczpospolitej. Wyszły spod rąk karmelitów bosych, którzy w większości pozostają anonimowi. Zaledwie kilku ojców miało w zwyczaju podpisywać swoje prace zakonnym imieniem lub imieniem i nazwiskiem, i to nie za każdym razem: Benedykt Parszywka, Ludwik Barankiewicz, Alojzy Kluger, Stanisław Blecha, Ambroży Górecki, Piotr Lewkowicz, Leonard Popielecki i Michał Wójcik. Niewielki procent tekstów ma za swych autorów księży diecezjalnych. Niektórzy autorzy pozostawili na karcie tytułowej lub na odwrocie adnotację o miejscu i czasie wygłoszenia nauki. Ze względu na wykorzystanie przez autorów papieru z komponentów roślinnych, stan zachowania większości tekstów jest dobry i bardzo dobry. Na większości widać jednak plamy, ślady wilgoci, kurzu i wielokrotnego używania. Kazania i homilie przygotowywane były w formie kilku lub kilkunastostronicowych książeczek zszytych nićmi, różniących się wymiarami. Kaligrafia na ogół ładna i wyraźna, nie nastręczająca problemów podczas czytania.
VI. Fotografie karmelitańskie
Fotografie klasztorów w Czernej, Krakowie (Niepokalane Poczęcie NMP), Lublinie, Przemyślu, Wiśniowcu, Berdyczowie, Lwowie-Persenkówce, Miadziole, Głębokiem, Kamieniu Podolskim, Poznaniu, Wilnie, Piotrkowicach, Warszawie, Zawoi, Kluszkowcach, Łodzi, Wrocławiu, Zagórzu, Wiśniczu, Grodnie, Wadowicach. Fotografie związane z osobą św. Rafała Kalinowskiego.
Negatywy szklane, w licznie 496 sztuk, pochodzą z kilku miejsc. Niewielka ich część znajdowała się w niezarchiwizowanym materiale złożonym w magazynie archiwum w Czernej oraz na strychu krakowskiego klasztoru przy ul. Rakowickiej 18. Niemal 80% zbioru spoczywało w różnych pudełkach na strychu klasztoru w Czernej oraz w pomieszczeniu ciemni tegoż klasztoru. Zarchiwizowano je w 2020 roku. Tematycznie negatywy szklane związane są z historią Polskiej Prowincji Karmelitów Bosych w XX wieku.
VII. Karmelitańskie tłoki pieczętne
Zbiór obejmuje ponad 200 jednostek różnego typu tłoków: metalowe, gumowe i z tworzyw współczesnych.
VIII. Rozmaitości
Rozmaitości obejmują: zbiór grafiki dawnej (czarno-białe obrazki o tematyce religijnej), zbiór fragmentów rękopisów średniowiecznych odnalezionych w zniszczonych okładkach różnych ksiąg, zbiór patronów miesięcznych (małe karteczki z XVII i XVIII wieku z patronem, modlitwą i umartwieniem na dany miesiąc, losowane co miesiąc przez osoby zakonne), zbiór pocztówek o tematyce wojennej z lat 1914-1920 (pierwsza wojna światowa i wojna polsko-bolszewicka), duży zbiór dawnych pocztówek z całego świata. Ponadto zebrano i zabezpieczono bogatą kolekcję medalików i medalionów o tematyce religijnej i świeckiej.